A Nyárád és Kis-Küküllő mentén 4 terület élvez Natura 2000 védettséget. Ezek közül három Különleges Természetmegőrzési Terület (SCI) és egy Különleges Madárvédelmi Terület (SPA), amelyeknek területe közel 91.000 ha. Ezek a területek három megyében terülnek el, és 41 községet és, több mint 150 ezer lakost érintenek. A községek közül 35 Maros, 4 Hargita, 2 Szeben megyében található.
Ezek a területek a következők:
• ROSPA0028 – KÜKÜLLŐK DOMBSÁGA – NYÁRÁD VÖLGYE madárvédelmi terület (Dealurile Târnavelor–Valea
Nirajului) 86.073 ha
Ezt a területet elsősorban madarak – mint például a békászó sas vagy a haris – védelmére jelölték ki. A madarak védelmével párhuzamosan más fajok vagy élőhelyek is oltalom alá kerülnek. Többek között nagyon értékes gyepek is találhatóak a területen, ahol az orchideák közé tartozó kosborok, a szibériai nőszirom vagy
a vadnárcisz is élnek.
• ROSCI0297 – KIS-KÜKÜLLŐ DOMBSÁG – BEKECS élőhelyvédelmi terület (Dealurile Târnavei-Mici-Bichiș) 37.082 ha
A terület felét alkotó erdők védelmén kívül elsősorban nagyragadozó emlősök védelmére jelölték ki. Ez a térség különösen fontos a barnamedve európai populációjának megőrzésében, de olyan közismert rovarok is védettek a területen, mint a szarvasbogár.
• ROSCI0384 – KIS-KÜKÜLLŐ FOLYÓ élőhelyvédelmi terület (Râul Târnava Mică) 331 ha
A Kis-Küküllőben olyan védett halfajok élnek, mint a Petényi márna vagy a homoki küllő. A területen találkozhatunk a
szintén védett tompa folyamkagylóval vagy a nagy tűzlepkével is. Ugyanakkor a folyót szegélyező égeres-füzes ártéri ligeterdő ritka, különleges élőhely, amely védelemre szorul.
• ROSCI0186 – NAGY-KÜKÜLLŐ MENTI MOLYHOS TÖLGYESEK élőhelyvédelmi terület (Pădurile de Stejar pufos de
pe Târnava Mare) 240 ha
A molyhos tölgyes bokorerdő egy nagyon megfogyatkozott élőhely típus. A molyhos tölgy melegkedvelő, síkvidéken vagy déli kitettségű melegebb oldalakon fordul elő. Ezért az eredeti élőhelyeit ma már többnyire mezőgazdasági művelés alá fogták. Ez a Natura 2000 terület tulajdonképpen kilenc, egymáshoz közel eső, kisebb erdőfoltból vagy erdőrészből áll. Az erdőfoltok fele-fele arányban Maros és Szeben megyében, Dános és Erzsébetváros közelében
helyezkednek el.
A fenti területek felügyeleti jogát 2022-ig három, egymással partner egyesület, a Nyárádmente Kistérségi Társulás, a Kis-Küküllő Térségi Társulás Balavásár-Szováta, valamint a Milvus Csoport Madártani és Természetvédelmi Egyesület nyerte el a Környezetvédelmi Minisztériumtól.
A négy Natura 2000 területen kívül még két kisebb természetvédelmi rezervátum is tartozik a szervezetek gondnoksága alá: az erdőszentgyörgyi Hamisciprusültetvény (Chameocyparis lawsoniana), valamint a Hargita
megyében található Firtos-tető rezervátum.
A három egyesület egy közös felügyeleti struktúra alapján látja el a területek gondnokságát, amely a Nyárádmente Kistérség égisze alatt működik. A három egyesület szeretné a törvényi szigor betartatásán túl megteremteni a lakosok pillanatnyi gazdasági érdekei, az egészséges környezet, a jövő nemzedékek.
2010-ben a „Milvus Csoportˮ Egyesület elkezdte az első gatyáskuvik (Aegolius funereus) odúk kihelyezését a Kelemen-havasokban. Az ezt követő években további néhány tíz műodú felszerelésére került sor a Görgényi- és Csíki-havasokban, valamint a Gyergyói-medencében. A műfészkeket évi rendszerességgel ellenőrizzük, hogy megállapítsuk ezek foglalásának arányát és a költési sikert. 
