În regiunea Văii Nirajului și a Târnavei Mici există patru arii Natura 2000. Suprafața totală este în jur de 91.000 ha, care cuprinde 3 situri de importanță comunitară (SCI) și 1 sit de importanță avifaunistică (SPA). Acestea se întind pe 3 județe, cuprind 41 de comune cu o populație de peste 150 de mii de locuitori. Marea majoritate a comunelor se află în județul Mureș (35 de comune), 4 în județul Harghita și 2 în județul Sibiu.

Cele 4 arii protejate sunt următoarele:

ROSPA0028 – Dealurile Târnavelor – Valea Nirajului, cu suprafața de 86.073 ha.
Această arie a fost desemnată pentru protejarea păsărilor, cum ar fi de ex. acvila țipătoare mică, cristelul de câmp. Prin ocrotirea păsărilor, și alte specii și habitate vor beneficia de protecție. Astfel, de exemplu, și pajiștile valoroase din această zonă, cu diferite specii de orhidee sălbatice, stânjenel siberian și narcise, vor fi protejate.

ROSCI0297 – Dealurile Târnavei-Mici – Bicheș, cu suprafața de 37.082 ha.
Această arie a fost desemnată pentru protecția pădurilor (ocupă jumătate din aria desemnată) și pentru protejarea carnivorelor mari. Regiunea e foarte importantă din punct de vedere al conservării populațiilor europene de urs brun, lup sau vidră. Tot aici trăiesc și insecte protejate de lege, cum ar fi rădașca.

ROSCI0384 – Râul Târnava Mică, cu suprafața de 331 de ha.
În râul Târnava Mică trăiesc specii de pești valoroși, cum ar fi moioaga și orcușorul de nisip. Tot aici, putem găsi scoica de râu sau fluturele roșu de mlaștină. Aria a fost desemnată pentru protecția râului Târnava Mică și pentru pădurile aluviale cu anin negru și frasin, un habitat foarte valoros.

ROSCI0186 – Pădurile de stejar pufos de pe Târnava Mare, cu suprafața de 240 ha.
Pădurile de stejar pufos reprezintă un habitat prioritar, cu arii de răspândire restrânse. Cuprinde specii iubitoare de căldură (termofile) specifice zonelor cu altitudine mică sau versanților mai calzi. Tocmai datorită acestor preferințe, cele mai multe arii de răspândire a acestor păduri au intrat în circuitul agricol. Această arie protejată Natura 2000 se compune din nouă petice de păduri, apropiate unul de celălalt, aflate atât în județul Mureș cât și Sibiu, între localitățile Daneș și Dumbrăveni.

Asociația Microregiunea Valea Nirajului – Nyárádmente în parteneriat cu Asociația Microregională Târnava Mică –Bălăușeri-Sovata și Asociația „Grupul Milvus” a câștigat dreptul de administrare al ariilor protejate Natura 2000 mai sus menționate, printr-un contract semnat cu Ministerul Mediului și Pădurilor pe o perioadă de 10 ani, până în anul 2022. Cele trei organizații au format o structură de administrație care funcționează sub egida Asociației Microregiunea Valea Nirajului. De asemenea, rezervațiile naturale Dealul Firtuș – Comuna Corund (județul Harghita) și Arboretul cu Chamaecyparis lawsoniana – Sângeorgiu de Pădure (județul Mureș) se află tot în custodia administrației. Pe lângă respectarea și asigurarea aplicării legilor în vigoare, scopul administrării este și stabilirea unui echilibru între interesele economice ale localnicilor, mediul sănătos, nevoile generațiilor viitoare și între protecția naturii.